In alten Nistkästen können Milben, Vogelflöhe oder auch Zecken das Jahr über ausharren, die dann den eigentlichen Bewohnern, beispielshalber kleinen Säugetieren und unterschiedlichsten Vogelarten das Leben schwer machen. Sie nutzen diese Nistkästen vorwiegend zur Überwinterung und als Brutstätte. Daher ist es ratsam jeden Nistkasten  spätestens vor dem Wintereinbruch noch einmal zu reinigen und auf natürliche Art zu desinfizieren.
Bevor man den Nistkästen zur Reinigung abnimmt, sollte man jedoch prüfen, ob dieser auch gegenwärtig nicht bewohnt wird.